установка пакета.

Прежде чем вы начнете читать ниже, поймите одну простую везсчь:
здесь конечно могут все показать и рассказать, и ссылку дать, и нахлесом послать тоже - все как у людей ;). Все так же чем то заняты(нет времени на подобные "откровения"), поэтому учитесь сами, именно сначала сами, поискать решения в гугле например, почитать хендбук, а потом уже, как говорится, welcome! ;)

вообще мета-пакет это что обозначает?
Обозначает набор пакетов необязательно идущих в явной зависимости друг от друга - просто набор, по определенному признаку принадлежности.
и если я захочу переустановить программу с измененными флагами, то я должен выполнить:
emerge --update --deep --newuse xfce4-meta ?
нэа ;) Тонкость работы портажа читаем хендбук.(хотя нет не должен, портаж тока шапку еще раз перекомпилит, а не все внутренности этого пакета) Могу ошибаться -.-

и эти все флаги мне писать так -- xfce4-base/xfce4-meta и перечислять тут все флаги ко всем параметром к этому пакету?
смотря как устроен пакет. Если в пакете опционально имеется возможность выбора флагов, то да. Вообщем нюансов не так много.

Когда встречаются такие --> [ebuild N ] dev-perl/HTTP-Date-6.20.0-r1 8 kB
т.е. это установится обязательно?
Если прямая зависимость, то да - иначе не собирется пакетик то.
этот PYTHON_TARGETS мне куда прописать
НИ_КУ_ДА - он автоматом подхватывается относительно установленный ваших питонов в системе, что впрочем не мешает и поиграться с этими параметрами ручками - только вот зачем? А прописывать подобное обычно как всегда в /etc/portage/make.conf

Итог читаем статьи по установке и работой с портажом( гуглим то есть).

Вы можете поставить один пакет из среды xfce4 или несколько, также можете поступить и с kde и gnome.
Можете работая в среде с kde+qt, использовать программы, написанные под gtk
Можете поставить все необходимое для работы в xfce4, иначе говоря - xfce4-meta

Некоторые из пакетов не являются критически необходимыми для установки и работоспособности среды, их установка может быть определена use-флагами в /etc/portage/make.conf
Или же в /etc/portage/package.use, подробнее читайте:
man emerge
man portage

Вдобавок, например, gnome имеет совем интересный пакет - gnome-base/gnome-light - т.е. не весь gnome,
а самая необходимая часть для нормального функционирования среды.

Одну программу можно переустановить, не прибегая к обновлению всего мира - всей системы,
прописав, например, свежую версию в /etc/portage/package.keywords или accept.keywords (но это позволяет существовать нескольким версиям одновременно) или опять же package.use
Есть несколько способов обновить пакет.

Основной принцип: не знаешь не трогай дефолт, не мешает - не трогай )

Что конкретно делает юзфлаг - можно только для конкретного пакета(или группы пакетов) - загляни ebuild там написано

про PYTHON_TARGETS в news написано