[Решено] Как удалить gnome.

Молодец! Решительный товарищ :)
Рекомендую выработать привычку думать прежде чем что-то делать.
И пока не достигнешь понимания что именно ты хочешь сделать, как оно работает и что должно получиться в итоге - не переходить к активной фазе.

У меня в качестве гуя мышь.
Однако полезно помнить, что исторически так сложилось, что данное DE не является полностью автономным.
То есть:

$ eix -I --only-names gnome | wc -l
8

И в качестве иллюстрации для одного из узлов графа:

$ equery d gnome-base/libgnome-keyring
 * These packages depend on gnome-base/libgnome-keyring:
gnome-base/gnome-keyring-2.32.1-r1 (gnome-base/libgnome-keyring)
net-libs/libsoup-gnome-2.38.1 (gnome-base/libgnome-keyring)
xfce-base/xfce4-session-4.10.0 (gnome-keyring ? >=gnome-base/libgnome-keyring-2.22)

Вывод? :)

Попробуй добавить в конец make.conf строчку:

USE="${USE} -gnome"

А потом методично выпиливай gnoma по частям.
Начни с:

root # emerge --unmerge \
                gnome-base/gnome \
                gnome-base/gnome-desktop \
                gnome-base/gnome-panel \
                gnome-base/gnome-menus

Потом emerge --depclean и смотри кто-кого хочет.
Если проблемный пакет тебе не нужет - удаляй, и так далее.

Заодно нужно будет поиграть с флагами, часть назначить локально, через /etc/portage/package.use/

Проверь профиль, если выбран gnome - переключи на другой

root # eselect profile list
Available profile symlink targets:
  [1]   default/linux/amd64/13.0
  [2]   default/linux/amd64/13.0/selinux
  [3]   default/linux/amd64/13.0/desktop *
  [4]   default/linux/amd64/13.0/desktop/gnome
  [5]   default/linux/amd64/13.0/desktop/kde
  [6]   default/linux/amd64/13.0/developer
  [7]   default/linux/amd64/13.0/no-multilib
  [8]   default/linux/amd64/13.0/x32
  [9]   hardened/linux/amd64
  [10]  hardened/linux/amd64/selinux
  [11]  hardened/linux/amd64/no-multilib
  [12]  hardened/linux/amd64/no-multilib/selinux
  [13]  hardened/linux/uclibc/amd64

Не торопись, делай вдумчиво и все у тебя получится. У меня получилось :)