Проблемы с ядром после пересборки

Ну и зачем ты мне это написал, про CONFIG_LOCALVERSION я в курсе. Пиши об этом сразу ТС. В моём сообщении я лишь указал ТС на прблему, которую он себе создал.

При сборке ядра модули компонуются с учётом их работы (згрузки) с определённой версией ядра (образом ядра), директория, в которую они помещаются определяется исходя из версии ядра и параметра 'EXTRAVERSION', указанного в файле Makefile в директории с исходными кодами ядра и параметра 'CONFIG_LOCALVERSIONS' в конфигурационном файле ядра, получается вот такое имя: /lib/modules-$version-$extraversion-$localversion

Первый образ ядра /boot/kernel-genkernel-x86_64-3.5.7-gentoo у вас был собран с помощью genkernel, модули были помещены в директорию /lib/modules/3.5.7-gentoo. Второй образ ядра /boot/vmlinuz-3.5.7-gentoo вы собрали вручную указанными командыми, если вы в файле конфигурации ядра не указали параметр 'CONFIG_LOCALVERSION', как уточнил Anarchist, то директория для модулей ядра собранных в той же директории будет такойже (/lib/modules/3.5.7-gentoo), как следствие почти все модули будут перезаписаны, но они будут работать только со вторым образом ядра /boot/vmlinuz-3.5.7-gentoo, даже с учётом того, что первыйобраз ядра тойже версии и собран с почти такимиже опциями, есть дополнительная опция, которая разрешает загрузку модулей собранных под другое ядро, но она по умолчанию отключена.

Так что вам сейчас нужно сделать копию (или переименовать) старого initramfs, модули в котором собраны под первый образ ядра /boot/kernel-genkernel-x86_64-3.5.7-gentoo и собрать новый initramfs под образ ядра, который вы собрали в ручную (/boot/vmlinuz-3.5.7-gentoo) и попробовать загрузиться.

достаточно просто 'genkernel ramdisk', только не забудьте сохранить образ initramfs под старый образ ядра, он вам пригодится в случае необходимости загрущки со старым ядром.