Torrent + Nat = ибо не хрен

IMHO задача не тривиальная, если на клиентах используется шифрование трафика. (а скорее всего так оно и есть). Разве что NAT нафик и всех через транспарент прокси.
Проверено на практике - самый лучший способ решить проблему - это на уровне приказа по предприятию, и последующего увольнения пару челов, нарушивших приказ. Действует просто отрезвляюще на остальных. И вообще не понятно конечно, как у вас юзвери пользуются торрент клиентами - если это не их функциональные обязаности.

Чем может забиваться канал, если качать нет возможности? Чтобы повесить сетку, нужно ураганно слать запросы по всей сети. Без предоставления подробной топологии сети ответ дать затруднительно.

                                                                                                                                                             
echo "Разрешаем PING для всех"                                                                                                                               
iptables -A INPUT   -p icmp --icmp-type 0 -j ACCEPT                                                                                                          
iptables -A FORWARD -p icmp --icmp-type 0 -j ACCEPT
iptables -A FORWARD -p icmp --icmp-type 8 -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT  -p icmp --icmp-type 8 -j ACCEPT

Дальше не читал, ибо скопипащено с одного древнего глюканутого манула без понимания что и как, обычно любители таких вещей фанаты альтернативно-одаренных ОС считают, что icmp надо для "попинговать", а 100 пингов в секунду кладут 2 проца и bsod ;)

P.S
Всегда радуют такие правила :)

echo "Блокируем весь трафик"
iptables -P INPUT DROP
iptables -P OUTPUT DROP
iptables -P FORWARD DROP
.....
echo "Блокируем multi & broad casts"
iptables -A INPUT   -m pkttype --pkt-type broadcast -j DROP
iptables -A OUTPUT  -m pkttype --pkt-type broadcast -j DROP


echo "Отбрасывает плохие пакеты"
iptables -A INPUT   -m conntrack --ctstate INVALID -j DROP
iptables -A FORWARD -m conntrack --ctstate INVALID -j DROP

iptables -A INPUT -p UDP --dport bootps -i !${LAN} -j REJECT
iptables -A INPUT -p UDP --dport domain -i !${LAN} -j REJECT

с учетом вышесказанного нижеследующее вообще тянет на цитатник

echo "Блокируем все нестандартные порты - 1024-65535"
iptables -A FORWARD -p tcp --dport 1024:65535 -j DROP
iptables -A FORWARD -p tcp --sport 1024:65535 -j DROP
iptables -A FORWARD -p udp --dport 1024:65535 -j DROP
iptables -A FORWARD -p udp --sport 1024:65535 -j DROP

echo "Блокируем внешний доступ к привелегированным портам 0-1023"
iptables -A INPUT -p TCP -i !${LAN} -d 0/0 --dport 0:1023 -j DROP
iptables -A INPUT -p UDP -i !${LAN} -d 0/0 --dport 0:1023 -j DROP

Ваш вопрос выходит за рамки технических проблем. Исходящий трафик и ответы на него (именно так работают протоколы типа peer-to-peer) порезать принципиально невозможно. Ваша проблема скорей всего экономическая (чтобы иметь ресурс его надо у кого-то отобрать), и организацонная (налицо наличие некоей ответсвенности и отсутствия полномочий по их решению).

Перво-наперво - разработка и утверждение положений о доступе в интернет, дабы установить понятные всем правила игры. Имея на руках положение и логи доступа легко определить крайнего вслучае претензий со стороны руководства к качеству ваших услуг.

Во вторых экономика. Канал следует резать. Тут и введение автоматических лимитов типа sams. Тут и нарезание полосы пропускания на маршрутизаторе, прокси (squid iproute2 iptables). Ну и последнее но и немаловажное - анализатор логов с автоматическим отрубанием плохих клиентов файрволлом. Это даст возможность обеспечения гарантированного качества исполнения высокоприоритетных задач.

В принципе у меня есть лимиты с самсом. Хотя сейчас, с ростом количества пользователей инета и безумной щедрости на лимиты непосредственного руководства подумываю о положении. Растет так же необходимость защиты от DOS при помощи анализатора и файрволла, по причине наличия в сети любителей разнообразных косо писанных плагинов. Грамотно полосу резать пока, к стыду своему, не научился.

ЗЫ
Внимательно ознакомтьесь с моделmю OSI. Железных решений уровня приложений в природе почти нет.