Установка Netbeans из sh

Так делать нельзя, но если очень хочется на свой страх и риск - то можно.

Если вы это делали от юзера, а не рута, то все в порядке.

Я думаю, так делать крайне не желательно. Если вам нужна именно последняя версия стоило посмотреть в оверлеях. На сайте сейчас NetBeans 7.1,
в оверлеях:

dev-util/netbeans
     Available versions:  
	(6.5)	(~)6.5-r4[2]
	(6.7)	(~)6.7.1[2]
	(6.8)	6.8-r1
	(6.9)	(~)6.9-r4[3] (~)6.9.1[2]
	(7.0)	(~)7.0.1-r2 (~)7.0.1-r2[1]
	(7.1)	(~)7.1-r1 (~)7.1-r1[1]
	(9999)	(~)9999_p20120113[1] (~)9999_p20120115[1] (~)9999_p20120118[1] (~)9999_p20120125[1] (~)9999_p20120126[1]
	{debug doc elibc_FreeBSD keychain linguas_af linguas_ar linguas_bg linguas_ca linguas_cs linguas_de linguas_el linguas_es linguas_fr linguas_gl linguas_hi_IN linguas_id linguas_it linguas_ja linguas_ko linguas_lt linguas_nl linguas_pl linguas_pt_BR linguas_pt_PT linguas_ro linguas_ru linguas_si linguas_sq linguas_sr linguas_sv linguas_ta_IN linguas_tl linguas_tr linguas_vi linguas_zh_CN linguas_zh_TW +netbeans_modules_apisupport netbeans_modules_cnd netbeans_modules_dlight netbeans_modules_enterprise netbeans_modules_ergonomics netbeans_modules_groovy netbeans_modules_gsf +netbeans_modules_harness +netbeans_modules_ide netbeans_modules_identity netbeans_modules_j2ee +netbeans_modules_java netbeans_modules_javacard +netbeans_modules_javafx netbeans_modules_mobility +netbeans_modules_nb netbeans_modules_php (+)netbeans_modules_profiler netbeans_modules_ruby netbeans_modules_soa netbeans_modules_visualweb netbeans_modules_webcommon +netbeans_modules_websvccommon netbeans_modules_xml}
     Homepage:            http://netbeans.org/
     Description:         Netbeans IDE

[1] "fordfrog" layman/fordfrog
[2] "java-overlay" layman/java-overlay
[3] "rubenqba" layman/rubenqba

Почитайте про eix-remote и layman

Топикстартеру читать FAQ