/var/db/pkg/*/*/CONTENTS

Ну... Это довольно просто сделать при помощи скрипта, используя find + qfile + grep + sed + md5sum (или чего там для проверки, похоже на мд5), к примеру...
qfile умеет определять пакет по файлу, но вроде как он не проверяет. Готовые решения может и есть, но я их не знаю.

ls -1 /var/db/pkg/*/*/CONTENTS | \
    while read P ; do \
        pkg=$(echo $P | cut -d'/' -f 5,6)
        egrep "^obj" $P | \
           while read s ; do  \
               file=$(echo $s |cut -d" " -f2) ;
               md5=$(echo $s |cut -d" " -f3) ;
               if [[ -e "$file" ]] ; then
                    [[ $(md5sum "$file" | cut -d" " -f1) != "$md5"  ]] \
                         && echo "(bad) $pkg = $file"
               else
                 echo "(not) $pkg = $file" ; \
               fi
    done ; done

Копируете сразу все приведенные строки и вставляете в командную строку.