Обновление всей системы

OMG =)
Ты же в теме про рейд говорил что его читал?
http://www.gentoo.ru/node/12668#comment-87492
Видимо наврал. Ищи в FAQ
Конкретно http://www.gentoo.ru/node/12725

Как я уже написал выше: Автоматическое обновление - ЗЛО

включить автоматическое обновление (по дефолту в 3-00)

Совершенно с Вами не согласен, GoodWin, уж простите... На счёт "ТАКОГО!!!" - не более, чем может сотворить человек или то, что он написал.
Вы можете, если у Вас сеть из компьютеров настроить уведомление по почте, если важно знать о результатах обновления. С помощью bash можно сделать ТАКОЕ!!!
Переход с png12 на png14 - для таких случаев существует package.mask, keywords, можно это делать массово для группы компьютеров.
"Неверно скачанный" - не встречался с такой проблемой, а против недоработанных ebuild-ов можно отказаться от ~amd64, ~x86 и диалогов удастся избежать.
Важен контроль ошибок в скриптах, вот и всё... А в случае неудачи уведомления по почте, смс и т.п., кому что удобнее.

Я хочу отметить тот факт, что обновлять большое кол-во компьютеров - у Вас просто не хватит времени и сил, а одновременное их обновление также невозможно по причине того, что они могут быть просто в этот момент выключены.

Чтобы не быть голословным, приведу решение Вашей проблемы с "клава, мышь, видео", в качестве видео выбрана Nvidia.

upgrade

#!/bin/bash

. functions.sh

SYNC_RESULT=`(run_cmd "emerge -q --sync") | tail -n 128|grep -i An\ update\ to\ portage\ is\ available`

if [[ "$SYNC_RESULT" != "" ]];
then
  run_cmd "emerge -q --oneshot portage"
fi

OLD_XSERVER=`equery list xorg-xserver`

run_cmd "emerge -quDN world"
if [[ "$OLD_XSERVER" != "`equery list xorg-xserver`" ]]; then
  run_cmd "emerge -q --oneshot `qlist -IC xf86-input xorg-drivers`"
fi

run_cmd "revdep-rebuild -q"
run_cmd "emerge -quDN world"
run_cmd clean

upgrade2last_kernel

#!/bin/bash

. functions.sh

LAST=`kernel-config list|tail -n1|sed 's/^.*\[//;s/\].*$//'`
kernel-config set $LAST
run_cmd upgrade_kernel

upgrade_kernel

#!/bin/bash

. functions.sh

cd /usr/src/linux
if [[ "$?" != "0" ]]; then
  echo /usr/src/linux doesn\'t exist
  exit 1
fi

run_cmd "cp /proc/config.gz ."
run_cmd "gunzip -qf config.gz"
run_cmd "cp -f config .config"
run_cmd make
run_cmd "mount -o remount,rw /boot"
make -s install
if [[ "$?" != "0" ]]; then
  mount -o remount,ro /boot
  echo "make install failed" >&2
  exit 2
fi

REVISION="`kernel-config list|grep \*|sed 's/\ *\[[0-9]*\]\ *linux-//; s/\ *\*//'`"
sed -i "s/\/boot\/vmlinuz-2[\.|0-9|A-z|\-]*/\/boot\/vmlinuz-$REVISION/g" /boot/grub/grub.conf

mount -o remount,ro /boot

emerge -q `qlist -IC nvidia-drivers`

clean

#!/bin/bash

. functions.sh

run_cmd "emerge -q --depclean"
run_cmd "revdep-rebuild -q"
run_cmd "eclean -q distfiles"
run_cmd "rm -rf /var/tmp/portage/*"

functions.sh

#!/bin/bash

function run_cmd()
{
  err_code=$(($err_code+1))
  if [[ "$1" == "" ]]; then
    echo "Error:Need command to run_cmd() function!"
    exit -1
  fi
  $1
  if [[ "$?" != "0" ]]; then
    echo \"$1\" error >&2
    exit $err_code
  fi
}

rebuild

#!/bin/bash

. functions.sh

run_cmd "emerge -q --oneshot sys-libs/glibc sys-devel/binutils sys-devel/gcc"
run_cmd "emerge -qe system"
run_cmd "emerge -qe world"

А понимать нужно, да...